Жития русских святых. В 2 томах. Том 1: Март-август. Отсутствует
правою рукою он держал мантию при бедре или коленях; лице святого благоукрашалось сединами. Землю, ссыпавшуюся в гроб, доставали руками и переносили в сосуд, который до сих пор стоит в монастыре — многие из него берут персть земную и получают исцеления от недугов и болезней. Настоятель, отпев панихиду, велел устроить деревянную палатку над гробом святого старца, и братия разошлись по келлиям, славя Господа, Который даровал обители столь великую благодать. Это обретение мощей совершилось 18 ноября; в навечерие пелась у гроба преподобного панихида, а утром — литургия. После этого настоятель с экономом изготовили донесение царю и патриарху об обретении мощей; грамоту повез в Москву эконом Никита. Патриарх спросил посланного: «Кого настоятель с братией хотят для освидетельствования мощей — архиерея, архимандрита или игумена?»
Эконом ответил, что было бы желательно архиерея, и указал на митрополита Ростовского и Ярославского Иону, который имеет сильную любовь к Троицкой обители и ее основателю Даниилу. Патриарх, по совету с царем, дает эконому грамоту, которой Иона уполномочивается совершить свидетельствование мощей. Никита привез грамоту в Ростов 20 ноября и вручил митрополиту. Последний прибыл в Переяславскую обитель Живоначальной Троицы 27 ноября. Было совершено соборное всенощное бдение, а на другой день — Божественная литургия. По окончании ее пошли ко гробу преподобного; отворивши палатку, вошли внутрь. Митрополит Иона сказал присутствующим: «Видите этого нового исповедника, не соблазняйтесь, будьте вместе со мною свидетелями перед царем; не один я вижу этот чудный светильник, это восходящее солнце, но и все вы».
Свидетелями же были, кроме множества священников и народа, игумены и архимандриты Переяславских монастырей. В тот же день прибежали в обитель двое исступленных, которые шумели и кричали: «Горе, горе! Беда, беда!» Иона дал им земли из гроба преподобного Даниила, и они выздоровели. Вошедши в Троицкую церковь, митрополит обратился к предстоящим со словами: «Вот мы исполнили царское повеление; теперь прошу вас, постарайтесь возвестить мне о чудесах преподобного, чтобы я мог отправить к царю донесение вместе с записанными чудотворениями».
Окружающие рассказывали о различных чудесах святого; митрополит записал их и за своею печатью отправил доклад с чудесами в Москву с экономом Никитой. Царь, ознакомившись с делом, приказал построить над гробом святого каменную церковь и расписать ее, а память святого праздновать дважды в году — в день кончины и обретения мощей.
Господь прославил Своего угодника многочисленными чудесами.
В царствование Грозного был наместником в Переяславле князь Андрей Александрович Алабышев, по прозванию Оленкин. Он имел великую любовь к святому Даниилу при его жизни, а по смерти нес гроб его на своих плечах и помогал своими трудами во время погребения подвижника. Впоследствии давал милостыню монастырю Даниилову и кормил нищих в память почившего старца.