Трагедія гетьмана Мазепи. Валентин Чемерис
стены, к воде, рытвиною, сделаны ворота. Да в том же городе по башням и по стене 9 пищалей, чугунные, железные. Да в том же городе поставлена церковь деревянная во имя Святителя Николы Чудотворца… Да в том же городе Батурине над озером на горе сделан панский двор: около того двора сделана осыпь земляная, на тоя осыпи огорожено стоячим острогом дубовым бревеньем облым, меж того острогу сделаны ворота проезжие, на воротах башня, да три башни глухие, покрыты тесом. Около того двора, подле острожной стены, с трех сторон сделан ров, а тот острог перегорожен надвое стоячим острогом и сделаны два рва подле тех стен».
У 1666-му Батурин спопелила пожежа, але місто, фортеця і замок швидко відбудували. Укріплення були такими неприступними, що польська армія, яка намагалася завоювати Лівобережну Україну, йдучи на Глухів, так і не змогла здобути Батурин. Через два роки в його замку розташувався московський воєвода Тимофій Клокачев з гарнізоном стрільців. Це не сподобалось батуринцям – московити поводилися в їхньому місті, як окупанти. На початку 1668 року городяни повстали, перебили московських стрільців, а воєводу Клокачева закували в кайдани і відправили в Чигирин до гетьмана Петра Дорошенка.
Чигирин тоді почав занепадати, і на Лівобережній Україні заговорили, щоб столицею зробити Батурин. Це почалося за гетьмана Дорошенка, але вже за його наступника, гетьмана Дем’яна Многогрішного, якому на козацькій раді в Глухові вручили булаву і було прийнято офіційну ухвалу: новою гетьманською столицею стає Батурин. (Не виключено, що основною причиною такого рішення було вигідне розташування Батурина в центрі Сіверщини, та й новий гетьман Многогрішний був родом з тих країв – з міста Коропа, що поблизу Батурина.) Спершу вважалося, що Батурин буде тимчасовою столицею – доти, поки не відбудують Переяслав, зруйнований московськими військами, але відбудова затяглася. Батурин був столицею козацької України, себто Гетьманщини, за правління Дем’яна Многогрішного, був нею за гетьманства Івана Самойловича, а з літа 1687 року в Батурині розташувався зі своїм двором новий гетьман України Іван Степанович Мазепа. І на всіх законних підставах поселився у замку, що колись звався «литовським», а тоді вже просто – «панський двір». І поселився як новий володар не лише Батурина, гетьманської столиці, а й усієї Лівобережної України, що тоді, дякуючи полякам та московитам, була розчахнута навпіл, на дві половини – Лівобережну і Правобережну…
За часів гетьманування Івана Мазепи Батурин сягнув найбільшого свого розвитку. У 1669–1684 роках було ґрунтовно реконструйовано Литовський замок – цитадель Батурина. В замку були дві муровані будівлі – великий гетьманський палац і менша за розмірами скарбниця. Палац був одноповерховим, включав три основні приміщення (палати), дві з яких мали печі, облицьовані полив’яними кахлями різних типів, а також сіни і допоміжні помешкання.
Загалом у Батурині з передмістями налічувалося 40 церков, більшість із них, правда, були маленькими домовими церквицями в садибах козацької старшини.