Период самостоятельности Русской Церкви (1589-1881). Патриаршество в России (1589-1720). Отдел первый: 1589-1654. Митрополит Макарий
всей России своею грамотою (от 6 июня).
Сделав все, что считал нужным, для своего утверждения на царском престоле, Шуйский обратил внимание и на то, чтобы патриарший престол не оставался более праздным. Еще жив был в своем заточении патриарх Иов, но он лишился зрения и уже не мог править Церковию. Нужно было избрать нового патриарха, и выбор государя, естественно, пал на того из представленных ему Собором кандидатов, кто ревностнее всех воспротивился незаконному браку самозванца, требовал крещения его невесты и за то подвергся изгнанию – на Казанского митрополита Гермогена.
Сохранилось известие, будто Гермоген был прежде донским казаком, а потом сделался приходским священником в городе Казани. Последнее не может подлежать сомнению, так как сам Гермоген свидетельствует, что в 1579 г. он был священником при казанской гостинодворской церкви святого Николая. Скоро после того он принял монашество и достиг степени архимандрита Спасо-Преображенского монастыря в той же Казани, а 13 мая 1589 г. возведен уже в сан архиерейский и начал собою ряд Казанских митрополитов. Служение Гермогена в Казани должно оставаться для нее памятным навсегда. При нем совершилось в 1579 г. явление и обретение чудотворной Казанской иконы Богоматери, и он, будучи еще священником, удостоился первый с благословения тогдашнего владыки Казанского Иеремии принять новоявленную икону из земли, где она обретена, в свои руки и перенесть ее в сопровождении всего духовенства и народа в ближайшую церковь святого Николая Тульского. А впоследствии, когда был уже митрополитом, сам составил (в 1594 г.) сказание о явлении этой иконы и о совершившихся от нее чудесах. При нем совершилось (4 октября 1595 г.) обретение и открытие мощей Казанских чудотворцев – святого Гурия, первого архиепископа Казанского, и святого Варсонофия, епископа Тверского. Царь Феодор Иванович приказал соорудить новую каменную церковь в казанском Спасо-Преображенском монастыре наместо прежней, при которой они были погребены. Когда начали копать рвы для новой церкви, то нашли гробы обоих святителей. Гермоген сам явился туда с освященным Собором, велел открыть гробы, видел и осязал нетленные мощи и даже одежды того и другого и донес обо всем царю и патриарху. Царь и патриарх повелели создать особую церковь при большой, с южной стороны ее алтаря, и там поставить мощи новоявленных чудотворцев Казанских для всенародного чествования. Сам же Гермоген потом составил по повелению царя и благословению патриарха Иова и житие святителей Гурия и Варсонофия. При нем перенесены были (в 1592 г.) мощи и второго Казанского архиепископа Германа, который скончался в Москве (6 ноября 1567 г.) во время моровой язвы и погребен был у церкви святого Николая Мокрого, и сам Гермоген по благословению патриарха встретил эти мощи в Свияжске, видел и осязал их и совершил погребение их в свияжском Успенском монастыре. В том же 1592 г., генваря 9-го Гермоген писал патриарху Иову, что в Казани доселе не совершается особая память, или поминовение, по всех православных