100 великих сокровищ России. Отсутствует
князь С.Я. Грузинский.
Вслед за Ф.А. Ушаковым, остававшимся в должности директора Московской Оружейной палаты до 1841 года, ее последовательно занимали Михаил Николаевич Загоскин (1842–1852), Александр Фомич Вельтман (1852–1870), Сергей Михайлович Соловьев (1870–1879), Аркадий Александрович Талызин (1879–1886).
В 1850-х годах отрабатывается музейная система учета и хранения экспонатов. В 1858 году были утверждены Правила по управлению Московской Оружейной палатой, которые оставались в основе своей неизменными до 1917 года.
Под руководством А.Ф. Вельтмана начинается работа по созданию первой научной описи экспонатов. Эта работа, выполнявшаяся сотрудниками музея несколько десятилетий, до сих пор представляет огромный интерес как этап в научном исследовании коллекций Оружейной палаты. В этот период в музее закладываются основы планомерной научно– исследовательской работы, создается научная библиотека музея. В 1858 году для изучения документов, необходимых для научного атрибуирования экспонатов, в штат музея вводится должность архивариуса, на которую был принят Георгий Дмитриевич Филимонов.
В этот период неоднократно издаются путеводители по музею. Среди них: Евреинов П.М. «Краткое описание Московской Оружейной палаты», 1834 г., Вельтман А.Ф. «Достопамятности Московского Кремля», 1843, и «Московская Оружейная Палата», 1844.
В 1867 году Оружейная палата принимает участие во Всемирной выставке в Париже, впервые показывая свои экспонаты за рубежом.
В 1851 году по проекту архитектора К.А. Тона было построено новое здание Оружейной палаты, в котором она размещается до сих пор.
В конце 1885 года происходит реорганизация Министерства императорского двора. Упраздняется Московская дворцовая контора, ее функции передаются Московскому дворцовому управлению, штат которого в целях экономии значительно сокращается.
С 1 января 1886 года сотрудники палаты полностью входят в штат дворцового управления. Должности директора и помощников директора Оружейной палаты были ликвидированы, вместо них вводились должности двух хранителей.
Сложившаяся система управления Московской Оружейной палатой с полным отсутствием самостоятельности не только в решении финансовых и административных, но и чисто музейных вопросов, не могла не мешать развитию музея. Затрудняются контакты с другими музеями России. Полная зависимость от произвола чиновников дворцового ведомства в решении кадровых вопросов приводит, например, к увольнению из Оружейной палаты в 1893 году одного из самых известных ее сотрудников Г.Д. Филимонова. Однако, несмотря на некоторое противодействие со стороны научной общественности, установившаяся структура практически сохраняется до осени 1918 года.
Существенные изменения в работу музея вносит Первая мировая война. По мере продвижения немецких войск, в Оружейную палату эвакуируются ценности из других музеев. Залы музея заполняются ящиками, к ноябрю их было около 2000. В них хранилось около 10 000 предметов. Прекращается