Белые командиры Гражданской войны. Алексей Шишов
в полковники. На Уральском фронте анненковцы пробыли до октября 1918 года.
По приказу военного министра омского правительства генерала П. П. Иванова-Ринова анненковские части, снятые с фронта, приняли участие в подавлении крестьянского восстания на Алтае, в степном Славгородском уезде. Сводный карательный отряд состоял из двух стрелковых рот, двух казачьих сотен, эскадрона черных гусар и артиллерийской батареи. Всего: 497 штыков, около 200 шашек, 5 орудий, 8 пулеметов.
15 сентября дивизия Анненкова заняла Славгород, в котором каратели учинили массовые экзекуции противников власти, расстреливая местных большевиков и повстанцев. Всего в ходе подавления Славгородского восстания было убито 1667 человек. В уезде белые реквизировали почти две тысячи винтовок и призвано в армию 11 тысяч человек. Многие из них пополнили анненковские части и «вплоть до краха колчаковщины служили вполне исправно».
После подавления Славгородского восстания отряд получает имя атамана Анненкова. Его состав: 1230 штыков, 750 шашек, 12 орудий и 16 пулеметов. Отряд направляется в город Семипалатинск на переформирование и получение солидного пополнения. Анненков руководит созданием шести полков и нескольких артиллерийских батарей. Эти силы белых предназначались для Семиреченского фронта, для действий на юго-востоке современного Казахстана.
Семипалатинское станичное общество избрало Бориса Анненкова, офицера-неказака, почетным казаком своей станицы. Но это было всего лишь наименование, так как казачьи сословные права и обязанности на почетных казаков не распространялись.
Уже будучи в Семипалатинске, Борис Анненков перестал выполнять многие приказания, которые поступали к нему из Омска. Он был вызван туда Временным Сибирским правительством, но там отказался подчинить свои силы командиру 2-го Степного Сибирского корпуса, который действовал против красных в Семиречье. Возник кофликт белоказачьего атамана с омской властью.
Вернувшись в Семипалатинск, полковник Анненков, захватив с собой около полутысячи новобранцев, двинулся в Семиреченскую область. 23 октября 1918 года анненковский отряд разворачивается в Партизанскую атамана Анненкова дивизию. Началась подготовка к новому наступлению белых на Семиреченском фронте.
Партизанская дивизия прибыла в Семиреченскую область (юго-восточная часть современного Казахстана) тогда, когда атаман Семиреченского казачьего войска Генерального штаба генерал-майор А. М. Ионов находился в отъезде, будучи вызван в Омск для доклада. Борис Анненков смещает его с этой должности, самочинно объявив себя атаманом семиреченского казачества.
Но при этом он никак не объясняет, снимает ли он с себя присвоенное ему звание атамана сибирского казачества. Формально для истории он оказался в годы Гражданской войны в России атаманом двух казачьих войск. Случай во всех отношениях уникальный.
После прихода к власти адмирала А. В. Колчака Анненков проявил себя «автономистом» по отношению к Верховному правителю