Язык Вавилона. Анатолий Гейн
Однако, сбивающие с толку детали иллюстраций питают множество теорий о происхождении книги, содержании её текста и цели, для которой она была написана. Множество теорий было выдвинуто по поводу языка, используемого манускриптом. Далее приведены некоторые из них.
Буквенный шифр
Согласно этой теории, манускрипт Войнича содержит осмысленный текст на каком-то европейском языке, который был намеренно переведён в нечитаемый вид отображением его в алфавите манускрипта с помощью какого-то кодирования – алгоритма, который оперировал отдельными буквами. Это было рабочей гипотезой для большинства попыток расшифровки на протяжении ХХ века, в том числе для неофициальной группы криптоаналитиков Управления национальной безопасности США (National Security Agency, NSA) под руководством Уильяма Фридмана в начале 1950-х гг. Простейшие шифры, основанные на замене символов, могут быть исключены, так как их очень просто взломать. Поэтому усилия дешифровальщиков были направлены на полиаалфавитные шифры, изобретённые Альберти в 1460-х гг. Этот класс включает в себя известный шифр Виженера (Vigenere cipher), который мог быть усилен использованием несуществующих и/или аналогичных символов, перестановкой букв, ложными пробелами между словами и т. д. Некоторые исследователи предполагают, что гласные буквы были удалены перед кодированием. Было несколько заявлений о дешифровке на основании этих предположений, но они не получили широкого признания. В первую очередь потому, что предложенные алгоритмы расшифровки были основаны на стольких догадках, что с их помощью можно было бы извлечь осмысленную информацию из любой случайной последовательности символов. Основной аргумент в пользу этой теории заключается в том, что использование странных символов европейским автором едва ли можно объяснить иначе, чем попыткой скрыть информацию. Действительно, Роджер Бэкон разбирался в шифрах, а предположительный период создания манускрипта приблизительно совпадает с рождением криптографии как систематизированной науки. Против этой теории выступает наблюдение о том, что использование полиалфавитного шифра должно было уничтожить «естественные» статистические свойства, которые наблюдаются в тексте манускрипта Войнича, такие как закон Цапфа. Также, хотя полиалфавитный шифр и был изобретён примерно в 1467 году, его разновидности стали популярны только в XVI веке, что несколько позднее предполагаемого времени написания манускрипта.
Шифр по кодовой книге
Согласно этой теории, слова в тексте манускрипта в действительности являются кодами, которые расшифровываются в особом словаре или кодовой книге. Основной довод в пользу теории это то, что внутренняя структура и распределение длин слов сходны с используемыми в римских цифрах, которые были бы естественным выбором для этой цели в то время. Однако, кодирование, основанное на кодовых книгах, удовлетворительно только при написании коротких сообщений, так как оно очень обременительно для письма и