Святые Петр и Феврония Муромские. Отсутствует
Пантелеимона на кипарисовой доске.
В последующее время игуменья Персида продолжала благоустройство обители. В 1889 году в приделе в честь Скорбященской иконы Божией Матери был сооpужен новый иконостас с иконами греческого письма. В 1891 году начинается реставрация соборного Троицкого храма и Казанской надвратной церкви под наблюдением Московского Археологического Общества. Среди жертвователей помогающих реставрации обители был и святой праведный Иоанн Кронштадтский.
В 1898 году вне монастырской ограды был отстроен каменный двухэтажный корпус, где 19 сентября 1899 года с разрешения Училищного совета при Святейшем Синоде при монастыре была открыта одноклассная женская церковно-приходская школа, в программу которой входило также обучение рукоделью. В 1902 году школа из одноклассной была переделана в двухклассную.
В 1906 году 24 февраля от воспаления легких скончалась игуменья Пеpсида. С 1 мая на ее место поступила начальница Ковpовской Знаменской общины монахиня Мария (в миру Александра Владимировна Белаго). За три года ее игуменства в Троицком монастыре был отстроен новый настоятельский корпус на каменном фундаменте. В октябре 1909 года игуменья Мария перемещена в Суздальский Покровский монастырь. На ее место назначена казначея Святоезеpской женской Пустыни Гоpоховецкого уезда монахиня Азаpия с возведением в сан игуменьи.
12 декабря 1917 года после продолжительной и тяжелой болезни скончалась тихо игуменья Азаpия. 6 февраля 1918 года новой настоятельницей была назначена монахиня Рипсимия.
А вскоре началось планомерное выживание монахинь из обители. Поначалу были отобраны несколько келейных корпусов. В 1921 году Троицкая обитель, лишившись почти всех помещений, оказалась на грани закрытия. В 1923 году советская власть прекратила даже полулегальное существование монашеской общины.
В 1930-х годах здания монастыря были переданы военному ведомству и использовались как склады и архив. В 1941 году Троицкий собор отдали артели им. Крупской под сапожную мастерскую, а в 1960-х годах в корпусах устроили коммунальные квартиры.
В начале 1970-х годов ансамбль Троицкого монастыря был признан памятником архитектуры и поставлен на государственную охрану. В конце 70–начале 80-х годов на территорию монастыря был привезен деревянный храм в честь преподобного Сергия Радонежского из села Пьянгус, соседнего Меленковского района, 1715 года постройки.
В 1991 году Свято-Троицкая обитель была возвращена Русской Православной Церкви. Открытие Свято-Троицкого монастыря состоялось в день памяти святых страстотерпцев Бориса и Глеба – 15 мая 1991 года.
Вскоре в Троицкую обитель была переведена монахиня Рижского Свято-Троице-Сергиева монастыря Тавифа (Горланова). Она возглавила возрождающийся монастырь.
После открытия Свято-Троицкой обители сюда из соседнего Благовещенского мужского монастыря перенесли мощи муромских святых Петра и Февронии. Рака с мощами изначально стояла в главном городском соборе – Рождественском, ныне разрушенном.