Великие монастыри. 100 святынь православия. Отсутствует
Смутного времени обитель быстро восстановили. 30 августа 1652 года в монастыре состоялось обретение святых мощей его основателя. Во время наполеоновского нашествия строения монастыря остались неповрежденными, но часть имущества обители была разграблена, храмы осквернены. В 1833–1838 годах по проекту архитектора О.И. Бове в обители возводится Троицкий собор, освященный святителем московским Филаретом (Дроздовым).
До революции монастырь был известен своим некрополем. На кладбище монастыря обрели последнее земное пристанище великий русский писатель Н.В. Гоголь, поэт, богослов и общественный деятель А.С. Хомяков, другие видные представители славянофильства (Ю.Ф. Самарин, князь В.А. Черкасский, А.И. Кошелев), ученый-славист Ю.В. Венелин, поэт Н.М. Языков, духовная писательница Н.А. Бахметева, художник В.Г. Перов, основатель Московской консерватории Н.Г. Рубинштейн. После закрытия монастыря некрополь был уничтожен, лишь несколько захоронений было перенесено на другие кладбища.
После революции обитель закрывали в несколько этапов, но еще в середине 1920-х годов в монастыре проживало около 30 монашествующих. В этот период Свято-Данилов монастырь стал оплотом православия в борьбе с обновленческим расколом, центром старчества, приютом для архиереев, насильственно лишенных своих кафедр. В 1930 году Данилов монастырь был окончательно закрыт – последним в Москве. Братия монастыря в большинстве была расстреляна в 1937 году. В 1931 году строения обители были заняты исправительным учреждением для несовершеннолетних. Богослужения продолжали совершаться до 1932 года в соседней церкви в Даниловской слободе. Мощи святого князя Даниила бесследно исчезли. После закрытия обители храмы подверглись опустошению и перестройкам, могилы наиболее известных людей были перенесены на другие кладбища, а даниловский некрополь был уничтожен. В настоящее время раки с частями мощей святого князя выставлены для поклонения в Троицком соборе и соборе Святых Отцов Семи Вселенских соборов, в Покровском храме находится икона с частицей его мощей. Также в алтаре Покровского храма находится большой мощевик с 20 частицами мощей преподобных отцов Киево-Печерских, мощи преподобного Саввы Сторожевского, аналойная икона преподобных Зосимы, Савватия и Германа Соловецких с большими частицами их мощей. В Троицком соборе находится икона преподобного Сергия Радонежского с частицей мощей, в храме преподобного Серафима Саровского – икона святого, его келейные четки, частичка его мантии и часть камня 1000-дневного моления. В Покровском храме находится рака с мощами новопрославленного преподобного Георгия Даниловского чудотворца.
В мае 1983 года здания монастыря были переданы Русской Православной Церкви и в кратчайший срок восстановлены. В 1988 году Свято-Данилов монастырь стал центром юбилейных торжеств, посвященных 1000-летию Крещения Руси. В его стенах проходят Архиерейские Соборы, различные церковно-общественные мероприятия. Обители возвращен облик, исторически сложившийся в XVII–XIX веках.
В настоящее время в монастыре, помимо храма Святых Отцов Семи Вселенских