Choroby zakaźne i pasożytnicze. Отсутствует
bakterii Gram-dodatnich i Gram-ujemnych. Cytometria przepływowa pozwala na identyfikację wielu bakteryjnych antygenów powierzchniowych, choć należy zauważyć, że to zastosowanie jest wyjątkowo rzadkie w praktyce klinicznej.
7.6. Niepolecane testy diagnostyczne
Koniecznym elementem użyteczności klinicznej testu diagnostycznego jest jego wartość predykcyjna dla potwierdzenia i wykluczenia danej jednostki chorobowej. Testy diagnostyczne podlegają ścisłej walidacji klinicznej i laboratoryjnej, wymagają starannych kontroli jakości oraz potwierdzenia zgodności z zasadami prowadzenia diagnostyki laboratoryjnej (certyfikaty diagnostyki in vitro – IVD). Niestety komercyjnie dostępne są również testy bez takiej walidacji, z niską wartością predykcyjną, co w ostatnich latach szczególnie obserwowano w diagnostyce zakażeń Borrelia. Jednym z takich testów jest test transformacji limfocytów (LTT) mierzący odpowiedź proliferacyjną limfocytów krwi obwodowej po stymulacji antygenami Borrelia. Test ten nie ma walidacji w zastosowaniach klinicznych, a wyniki fałszywie dodatnie obserwowano nawet w kilkudziesięciu procentach przypadków. LTT generalnie charakteryzują się niską czułością, na poziomie 20–30% (choć w jednym badaniu obserwowano czułość i specyficzność na poziomie 80%) i często nie pozwalają na otrzymanie powtarzalnych wyników.
Kolejnym niepolecanym testem w diagnostyce boreliozy jest oznaczanie liczby i odsetka limfocytów CD57 (komórek NK), których aktywność rośnie w wielu zakażeniach, zarówno ostrych, jak i przewlekłych.
Ograniczone zastosowanie badania tzw. „żywej kropli krwi” opisano powyżej.
Interpretacja kliniczna niewalidowanych testów jest niemożliwa, dlatego nie powinna być praktycznie stosowana.
Podsumowując:
• w celu wykrycia patogenu metodami bezpośrednimi należy odpowiednio dobrać sposób barwienia, jednakże techniki mikroskopowe charakteryzują się generalnie niską czułością;
• techniki molekularne mają wysoką czułość i pozwalają na szybkie wykrycie materiału genetycznego, a ich koszt systematycznie spada; ze względu na wysoką specyficzność wymagają precyzyjnego określenia gatunku poszukiwanego patogenu, ale wynik ujemny jako test wykluczenia zakażenia powinien być interpretowany z ostrożnością;
• testy serologiczne pozwalają na wykrycie trwającego lub przeszłego zakażenia, ale są ograniczone poprzez okno diagnostyczne (czas od zakażenia do serokonwersji), a interpretacja aktywności zakażenia na ich postawie jest trudna i często niejednoznaczna;
• przyszłość diagnostyki w chorobach zakaźnych opiera się na ulepszaniu testów multipleksowych umożliwiających wykrycie materiału genetycznego wielu patogenów jednocześnie;
• prawidłowa walidacja testu stanowi podstawę zastosowania go w praktyce klinicznej.
1. Wytyczne dotyczące oznaczania oporności na antybiotyki. http://www.antybiotyki.edu.pl.
2. Aktualne wskazania do stosowania szybkich testów diagnostycznych zakażeń w POZ i ocena dostępnych na rynku szybkich testów diagnostycznych. http://www.antybiotyki.edu.pl/pdf/SZYBKIETESTY-25.pdf.
3. Speers D.J.: Clinical applications of molecular biology for infectious diseases. Clin. Bioch. Rev., 2006, 27: 39–51.
4. Balmer C.: The past, present and future of western blotting in the clinical laboratory. https://www.aacc.org/publications/cln/articles/2015/october/the-past-present-and-future-of-western-blotting-in-the-clinical-laboratory.
5. Hofman P., Lucas S., Jouvion G. i wsp.: Pathology of infectious diseases: what does the future hold? Virchows Arch., 2017, doi: 10.1007/s00428-017-2082-6.
6. Álvarez-Barrientos A., Arroyo J., Cantón R., Nombela C., Sánchez-Pérez M.: Applications of flow cytometry to clinical microbiology. Clin. Microb. Rev., 2000, 13: 167–195.
7. Luber A.D.: Genetic barriers to resistance and impact on clinical response. MedGenMed., 2005, 7: 69.
8. Poveda E., Wyles D.L., Mena A. i wsp.: Update on hepatitis C virus resistance to direct-acting antiviral agents. Antiviral Res., 2014, 108: 181–191.
9. Vidal L.L., Soares M.A., Santos A.F.: NS3 protease polymorphisms and genetic barrier to drug resistance of distinct hepatitis C virus genotypes from worldwide treatment-naive subjects. J. viral hepat., 2016, 23: 840–849.
10. Parczewski M., Leszczyszyn-Pynka M., Wnuk A. i wsp.: Introduction of pharmacogenetic screening for the human leucocyte antigen (HLA) B*5701 variant in Polish HIV-infected patients. HIV Med., 2010, 11: 345–348.
11. Parczewski M.: Farmakogenetyka w praktyce klinicznej zakażenia HIV. HIV & AIDS Review, 2013, 12: 128–130.
12. Auwaerter P.G., Bakken J.S., Dattwyler R.J. i wsp.: Antiscience and ethical concerns associated with advocacy of Lyme disease. Lancet Infect. Dis., 2011, 11: 713–719.
II
CZĘŚĆ SZCZEGÓŁOWA
8
Choroby infekcyjne ośrodkowego układu nerwowego
Aleksander Garlicki
8.1. Bakteryjne zapalenia opon mózgowo-rdzeniowych i mózgu
8.1.1. Definicja
Ostre bakteryjne zapalenie opon mózgowo-rdzeniowych i mózgu jest gwałtownie postępującym zakażeniem przestrzeni podpajęczynówkowej, opony miękkiej i pajęczej oraz miąższu mózgu.
8.1.2. Epidemiologia
Zachorowania występują na całym świecie jako sporadyczne, za wyjątkiem epidemii zakażeń meningokokowych. W krajach rozwiniętych zachorowalność utrzymuje się na poziomie 5–12 : 100 000 w ciągu roku, natomiast w krajach słabo rozwiniętych wskaźniki zapadalności i śmiertelności są kilkakrotnie wyższe.
Za ponad 80% zachorowań odpowiedzialne są trzy bakterie otoczkowe: Haemophilus influenzae (< 10%), Neisseria meningitidis (25%) i Streptococcus pneumoniae (50%). Za 15% zachorowań odpowiadają paciorkowce grupy B, a większość pozostałych powoduje Listeria monocytogenes. Do rzadszych czynników etiologicznych należą tlenowe bakterie Gram-ujemne, Nocardia, enterokoki, Streptococcus salivarius, paciorkowce grupy A i Streptococcus suis.
Przed wprowadzeniem powszechnych szczepień ochronnych najczęstszą neuroinfekcją bakteryjną było nagminne zapalenie opon m.-r. wywołane przez Neisseria meningitidis lub zapalenie opon m.-r. wywołane przez Haemophilus influenzae.
Obecnie głównym czynnikiem etiologicznym u osób > 16. r.ż. jest Streptococcus pneumoniae. Pneumokokowe zapalenie opon m.-r. najczęściej występuje w miesiącach zimowych i wczesną wiosną. Najwyższe ryzyko dotyczy dzieci do 2. r.ż. i osób po ukończeniu 65 lat. Nosicielami pneumokoków w nosogardzieli jest 20–40% dzieci i 5–10% dorosłych. Zakażenie szerzy się drogą kropelkową lub przez bezpośredni kontakt. Choroba rozwija się wkrótce po kolonizacji. Wysokie ryzyko zapalenia opon m.-r. występuje u osób z płynotokiem po złamaniu podstawy czaszki, pneumokokowym zapaleniem płuc, zapaleniem ucha środkowego, zatok przynosowych, wyrostka sutkowatego lub wsierdzia, w przebiegu choroby alkoholowej, przewlekłych chorób wątroby (zwłaszcza marskości), chorób nerek, cukrzycy, nowotworów, hipogammaglobulinemii, hemoglobinopatii, u osób z brakiem śledziony czy zespołem Wiskotta-Aldricha. Do nawrotów pneumokokowego zapalenia opon m.-r. predysponuje